ויקרא כ"ג ט"ו "וספרתם לכם ממחרת השבת מיום הביאכם את עומר התנופה שבע שבתות תמימות תהינה עד ממחרת השבת השביעית תספרו חמישים יום והקרבתם מנחה חדשה לה'", ויש לדקדק בפרשה א. וכבר עמדו על כך המפרשים מהי משמעות "וספרתם לכם" לכאורה היה מספיק אילו נאמר וספרתם בלבד. (בלולב נלמד מולקחתם לכם, משלכם) ב. מדוע נצטוו בספירה ממחרת השבת, ג. מדוע לא נאמר ממחרת החג. 

הדברים מתבארים עפ"י הזוהר בפרשת אמור שכתב כי עם ישראל כשהיו במצרים היו ברשות אחרת והיו אחוזים בטומאה כאשה היושבת בימי טומאתה אחרי שיצאו מרשות מצרים, נכנסו לחלק ה' הנקרא ברית אחרי שהתאחדו בה' פסקה טומאה מהם כמו אשה שפסקו ממנה ימי טומאה וסופרת שבעת ימי טהרה כמו שכתוב וספרה לה, גם כאן כיון שנכנסו לחלקו של הקב"ה פסקה טומאה מהם ואמר הקב"ה מכאן ואילך חשבון לטהרה.

וספרתם לכם כמו וספרה לה לעצמה גם כאן וספרתם לכם לעצמכם כדי להטהר ולהתחבר למלך לקבל את התורה, מתבאר מדברי הזוהר כי הספירה לא באה רק למנין הימים מבחינת הכמות אלא העיקר לתועלת נפש האדם להתקדש ולהטהר במשך שבע שבועות כדי שנהיה ראויים להתחבר לקב"ה ולקבל את התורה לכך נאמר 'וספרתם לכם', לטובתכם וכעין שנאמר אצל אברהם אבינו לך לך פרש"י לטובתך ולהנאתך (וכמו שכתב בספר החינוך מצוה ש"ו שמצות ספירת העומר היא הכנה לקבלת התורה וזמנה הוא מפסח כי לאחר שהקב"ה גילה לבניו את אחדותו השגחתו ויכולתו ביציאת מצרים כמ"ש הרמב"ן), החל ענין מתן תורה שהיא הגאולה העיקרית ומאז חלה חובת ההכנה, וברמב"ן כתב (אמור כ"ג ל"ו ד"ה עצרת) כי ימי הספירה הם כימי חול המועד מפסח עד שבועות והכל כחג אחד. 

ולכך היה הציווי רק אחרי מחרת השבת כי ביום חג הפסח לברית נכנסנו לחלקו של ה', ומה שנאמר שבת ולא חג ביאר בספר מכתב מאליהו כי מלת שבת מרמזת על השבתת הטומאה, א"כ נראה לבאר וספרתם לכם ממחרת השבת מכח מחרת השבת בו באנו בברית עם ה' ופסקה זוהמה מכח זה סופרים ימי טהרה לקבלת התורה א"כ מובן יותר ענין שנאמר ממחרת השבת ולא החג כי החג היה תפקידו להשחית הטומאה. 

בפירוש אור החיים כתב כי לכך נצטוו לספור ממחרת השבת כי יום ט"ו בניסן שהוא יום השבת מקצת היום היו עדיין בארץ מצרים ומשפט הספירה שיהיו כל הימים שלמים, ויתכן לומר כי מכיון שהיו בארץ טמאה מקצת היום עדיין לא פסקה לגמרי זוהמתם. 

שהחיינו על ספירת העומר 

צריך להבין מדוע אין מברכים ברכת שהחיינו וקיימנו והגיענו לזמן הזה על מצות ספירת העומר? מפני שכל המצוה הזאת היא הציפיה וההמתנה בקוצר רוח להגיע ליום נתינת התורה, ומשמעות הספירה היא שהנה כבר עבר עוד יום ועוד יום. ואנחנו הולכים ומתקרבים ליום המיוחל, ואיך נברך אם כן ברכת הזמן "והגיענו לזמן הזה" כאשר אנו דוחקים את הקץ, והזמן הזה מוקדש לתוחלת והכנה לקראת קבלת התורה. ואין הוא אלא בין הזמנים זמן היציאה מעבדות לחרות עולם, וזמן היותנו עם סגולה.

 (ספר העקידה)